Powołanie do kapłaństwa dojrzewało powoli. Karol Wojtyła rozdarty między powołaniem do kapłaństwa a miłością do literatury, sztuki, teatru, podejmuje decyzję i w 1942 roku rozpoczyna naukę w podziemnym seminarium .

Wpływ na pdojęcie takiej decyzji mieli:

• ojciec
• Jan Tyranowski - krawiec - katecheta, kierował duszpasterstwem młodzieżowym. Karol Wojtyła poznał go w Krakowie, często się z nim spotykał, rozmawiał, pożyczał od niego książki, pomagał mu w tworzeniu grup różańcowych.
• ksiądz Figlewicz- spowiednik i duchowy przewodnik w Wadowicach i w Krakowie
• arcybiskup Sapieha, który prowadził seminarium i którego Karol Wojtyła spotkał w Wadowicach, gdy kończył gimnazjum i przyjmował sakrament bierzmowania - wręczał wtedy arcybiskupowi kwiaty jako najzdolniejszy uczeń.

Od tej pory pracuje w Solvay i studiuje teologię.

W lutym 1944 roku Karol Wojtyła został potrącony przez wojskową ciężarówkę. Wypadek widziała prowadząca tramwaj Józefa Florek. Wyskoczyła z kabiny, zatrzymała samochód, którym jechał niemiecki oficer i poprosiła o pomoc. Oficer zorganizował transport do szpitala. Karol Wojtyła miał wstrząs mózgu, liczne obrażenia glowy, uszkodzenie barku.

Po długim okresie rekonwalescencji znowu zaczął uczęszcać do seminarium. 7 sierpnia 1944 roku Niemcy zaczęli wyłapywać wszystkich męższczyzn z obawy przed powstaniem takim jak warszawskie. Arcybiskup Sapieha gromadzi swoich kleryków w Pałacu Biskupim na Franciszkańskiej 3, gdzie są bezpieczni i zostają tam aż do wyzwolenia.

1 listopada 1946 roku został wyświęcony na księdza. Mszę prymicyjną odprawił dzień później w katedrze na Wawelu, w krypcie św. Leonarda.

Potem pojechał do Rzymu na studia doktoranckie. Zwiedził w ich trkacie kilka europejskich krajów.

Z Rzymu wyjechał w czerwcu 1948 roku.